Một thời gian ngắn sau khi ông tức vị, tướng Dương Sư Hậu (楊師厚) trong lúc trấn thủ Ngụy châu[chú 4] đề đề phòng Tấn xâm nhập, liền dùng cơ hội này để đoạt lấy Thiên Hùng[chú 5], Chu Hữu Khuê không dám thách thức Dương Sư Hậu và đành phải bổ nhiệm Dương Sư Hậu là Thiên Hùng tiết độ sứ, chuyển Thiên Hùng tiết độ sứ La Chu Hàn (羅周翰) đến Tuyên Nghĩa[chú 6]. Sau đó, Chu Hữu Khuê triệu Dương Sư Hậu đến gặp, cố gắng khiến Dương Sư Hậu ủng hộ mình (do Dương Sư Hậu được binh sĩ Hậu Lương tôn trọng), sau đó ông cho Dương Sư Hậu trở về Thiên Hùng.[1]

Mặc dù Chu Hữu Khuê đổ cho Chu Hữu Văn hành thích Hậu Lương Thái Tổ, song vẫn xuất hiện tin đồn lan truyền nhanh chóng rằng Chu Hữu Khuê mới là người phải chịu trách nhiệm cho việc này, nhiều tướng lĩnh cao cấp vì thế trở nên xa lánh ông, bất chấp việc ông nỗ lực ban thưởng để yên lòng họ. Hộ Quốc[chú 7] tiết độ sứ Chu Hữu Khiêm (朱友謙) đặc biệt lớn tiếng, và khi bị Chu Hữu Khuê triệu đến Lạc Dương, Chu Hữu Khiêm từ chối. Do đó, ngày Đinh Mùi (3) tháng 9 (15 tháng 10), Chu Hữu Khuê tuyên bố thảo phạt Chu Hữu Khiêm, bổ nhiệm Cảm Hóa tiết độ sứ Khang Hoài Trinh (康懷貞) làm Hà Trung chiêu thảo sứ, Hàn Kình là phó. Sau đó, Chu Hữu Khiêm quay sang quy phục Tấn vương Lý Tồn Úc và cầu viện Tấn. Khang Hoài Trinh nhanh chóng tiến đến bao vây thành Hà Trung, song Lý Tồn Úc sau đó tiến đến và đẩy lui quân Hậu Lương.[1]

Mặc dù mất đi Hộ Quốc, song theo ghi chép thì Chu Hữu Khuê lại trở nên ngạo mạn và dâm loạn, khiến các tướng lĩnh và quan lại tiếp tục xa lánh ông. Chu Hữu Trinh bắt đầu lập mưu với Phò mã đô úy Triệu Nham và Tả long hổ tướng quân-Thị vệ thân quân đô chỉ huy sứ Viên Tượng Tiên, Chu Hữu Trinh cũng phái sứ giả đến Ngụy châu và thuyết phục Dương Sư Hậu ủng hộ mình, Dương Sư Hậu chấp thuận. Ngày Canh Dần (17) tháng 2 (27 tháng 3 năm 913), Thị vệ thân quân đô chỉ huy sứ Viên Tượng Tiên suất vài nghìn cấm binh đột nhập vào cung.[1] Chu Hữu Khuê, Trương hoàng hậu[chú 8] và Phùng Đình Ngạc cố gắng chạy trốn khỏi hoàng cung, song khi họ nhận thấy rằng không còn đường thoát, Chu Hữu Khuê lệnh cho Phùng Đình Ngạc giết Trương hoàng hậu rồi giết mình, Chu Hữu Khuê tự cắt cổ chết. Viên Tượng Viên và Triệu Nham sau đó đề nghị trao hoàng vị cho Chu Hữu Trinh, Chu Hữu Trinh chấp thuận. Chu Hữu Trinh phế Chu Hữu Khuê thành thứ nhân.[1]